Na história destas duas ilhas, é dito que a ilha dos Cães é envolta em mistério, desde o próprio nome até à sua relativa obscuridade nos diálogos contemporâneos. Ao longo de séculos, esta ilha figurou em todos os mapas do Algarve. A primeira menção à presença humana na ilha dos Cães remonta a 1522. Devido ao seu isolamento, tornou-se o local preferido para leprosos se abrigarem, evitando assim a propagação da doença para as áreas habitadas. Hoje em dia, pouco se fala da ilha dos Cães, mas sim das duas ilhas que emergiram a partir dela.
Qualquer banco de areia está sujeito às mudanças induzidas pelos ventos e marés, e as barras que separam as ilhas deslocam-se gradualmente de oeste para leste. Além destes fatores naturais, o terramoto de 1755 também contribuiu para alterações na morfologia das ilhas. No entanto, foi no século passado que a ilha dos Cães se fragmentou em duas, a Deserta e a Culatra, devido à abertura da Barra Nova, facilitando assim o tráfego marítimo nos portos de Faro e Olhão.
Quanto à origem do nome da ilha, especula-se que possa estar ligada ao papel vital desempenhado pelos cães na vida dos pescadores. De acordo com a VortexMag, os cães de água eram companheiros fiéis dos pescadores, ajudando a conduzir cardumes para as redes e mantendo-se em vigília. Alguns cães mergulhavam rapidamente e traziam peixes inteiros na boca, sendo recompensados por esse serviço, conforme relata a mesma fonte.
Atualmente, para explorar o território que antes pertencia à ilha dos Cães, é necessário visitar a Deserta e a Culatra. Ambas as ilhas pertencem ao município de Faro, embora seja necessário embarcar em diferentes embarcações para lá chegar. Para alcançar a Culatra, pode-se partir tanto de Olhão quanto de Faro, enquanto para chegar à Deserta, só é possível partir do cais das Portas do Mar, em Faro.
